2018年1月12日获悉，浙江省发改委发布杭州市发展改革委上报的《关于转报杭州至临安城际铁路工程余杭段初步设计调整的请示》（杭发改重点〔2018〕6号）及相关附件收悉。浙江省发改委浙发改设计〔2016〕93号文、浙发改设计〔2017〕68号文先后批复该工程初步设计及其变更，核定概算122.99亿元。因工程余杭段4个高架站与杭瑞高速、102省道平行布置，距离不符合《公路工程技术标准》，公路管理部门要求将该段改为地下线或平行外移。经专家评审会论证，杭州至临安城际铁路工程余杭段外移不能同时满足高速公路、省道远期拓宽及噪声源对居民楼环评的距离等要求，需将余杭段高架线调整为地下线（浙发改交通〔2017〕1079号）。结合杭州市政府、余杭区政府意见，经研究，现批复如下：
南湖新城站原位于杭瑞高速与杭泰北路交叉口东侧的绿化带内，为路侧高架两层岛式车站，站后设停车线。现变更为地下两层岛式车站，站位向西微调至02省道与杭泰路交叉口，沿02省道东西向布置。原初步设计批复车站面积约为6500平方米，变更后面积约为23000平方米。
老余杭镇站原位于杭瑞高速与城东路交叉口西侧的绿化带内，为路侧高架两层岛式车站。现变更为地下两层岛式车站，站位向东微调至02省道与城东路交叉口，沿02省道东西向布置。原初步设计批复车站面积约为6500平方米，变更后面积约为13000平方米。
跳头村站（不含）～南湖新城站区间，本区间原长2924米，为高架区间。南湖新城站变更为地下车站后，本区间分为高架段与地下段两部分，区间线路沿02省道北侧敷设，高架段长度约为1895米，地下段长度约为828米，采用明挖法施工，设1座联络通道。
南湖新城站～老余杭镇站区间，本区间原长2502米，为高架区间。南湖新城站和老余杭镇站变更为地下车站后，本区间相应变更为地下区间，区间线路沿杭瑞高速北侧敷设，长度约为2432米，采用盾构法施工，设3座联络通道及1座中间风井。
老余杭镇站～凤新路站（不含）区间，本区间原长2018米，分为高架段与地下段两部分。老余杭镇站变更为地下车站后，本区间相应变更为地下区间，区间线路沿杭瑞高速北侧敷设，长度约为1897米，采用盾构法施工，设3座联络通道。
变更后，核定本工程概算为1289810.39万元，比原初步设计批复概算增加59936.95万元，概算增加部分通过银行贷款解决。